NCIS: Tengerészeti helyszínelők – 6. évad

A hatodik évad 2008. szeptember 23. és 2009. május 19. között ment a CBS-en, és 25 epizódjával a sorozat leghosszabb évada. Rocky Carroll Leon Vance-e immár az NCIS igazgatójaként az állandó szereplők közé kerül. Az évad elején Vance felosztja Gibbs csapatát, és Gibbs mellé új embereket rendel Michelle Lee, Daniel Keating és Brent Langer személyében; Langer már az első részben, a „Last Man Standing” címűben meghal, a második epizód után pedig McGee, Ziva és Tony visszatér Gibbs mellé. Később kiderül, hogy Michelle Lee az ügynökség vakondja, és a „Dagger” című részben életét veszti. Az évad egyik fő szála Ziva és a Moszad viszonya: barátja, a Moszad-tiszt Michael Rivkin kórházban meghal, Ziva pedig Tonyt hibáztatja. Az „Aliyah” című évadzáróban a csapat Izraelbe utazik, ahol Ziva újra találkozik a Moszadot vezető apjával, Gibbs döntése pedig megrázza az NCIS-t; az évad azzal zárul, hogy Ziva a Saleem Ulman vezette szomáliai terroristacsoport fogságába esik. A kétrészes „Legend” epizód mutatta be azt a Los Angeles-i csapatot, amely később az NCIS: Los Angeles című spin-off főszereplője lett.